Je me réponds moi-même.
Grâce à SP transfer et la procédure expliquée j'ai transféré les tables *_comprofiler_* du site version 2.5 vers la base du site 3.8
Ensuite j'ai lancé la procédure d'installation de CB dernière version, et tout s'est fait sans soucis !
Les données sont présentes et tout est fonctionnel